Infección natural por SARS-CoV-2 en gatos y perros domésticos de personas con diagnóstico de COVID-19 en el Valle de Aburrá, Antioquia / Natural SARS-CoV- 2 infection in domestic cats and dogs of humans diagnosed with COVID-19 in Valle de Aburrá, Antioquia

Introducción. El síndrome respiratorio agudo grave causado por el nuevo coronavirus SARS-CoV-2 es causa de la emergencia sanitaria por la pandemia de COVID-19. Si bien el humano es el principal huésped vulnerable, en estudios experimentales y reportes de infección natural, se han encontrado casos de zoonosis inversa de SARS-CoV-2 en animales. Objetivo. Evaluar la infección natural por SARS-CoV-2 en gatos y perros de propietarios con diagnóstico de COVID-19 en el Valle de Aburrá, Antioquia, Colombia. Materiales y métodos. La circulación del SARS-CoV-2 se evaluó por RT-qPCR y RT-PCR en muestras de frotis nasofaríngeos y orofaríngeos de gatos y perros cuyos propietarios se encontraban dentro del periodo de los 14 días de aislamiento. Los casos positivos se verificaron amplificando fragmentos de los genes RdRp, N y E; se secuenció el gen RdRp y se analizó filogenéticamente. Resultados. De 80 animales evaluados, seis gatos y tres perros fueron casos confirmados de infección natural por SARS-CoV-2. Los animales no presentaron signos clínicos y sus propietarios, que padecían la infección, reportaron únicamente signos leves de la enfermedad sin complicaciones clínicas. En el análisis de una de las secuencias, se encontró un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) con un cambio en la posición 647, con sustitución del aminoácido serina (S) por una isoleucina (I). Los casos se presentaron en los municipios de Caldas, Medellín y Envigado. Conclusiones. Se infiere que la infección natural en los gatos y perros se asocia al contacto directo con un paciente con COVID-19. No obstante, no es posible determinar la virulencia del virus en este huésped, ni su capacidad de transmisión zoonótica o entre especie.

Introduction: The severe acute respiratory syndrome caused by the new coronavirus SARS-CoV-2 is the cause of the health emergency due to the COVID-19 pandemic. Although humans are the main susceptible host, experimental studies and reported cases of natural infection have evidenced scenarios of SARS-CoV-2 reverse zoonosis in animals. Objective: To evaluate the natural infection of SARS-CoV-2 in cats and dogs with owners diagnosed with COVID-19 in the Valle de Aburrá subregion in Antioquia, Colombia. Materials and methods. The circulation of SARS-CoV-2 was evaluated by RT-qPCR and RT-PCR in samples of nasopharyngeal and oropharyngeal smears from cats and dogs whose owners presented latent COVID-19 infection. Positive cases were verified through amplification of N, E and RdRp gene fragments; with the latter being sequenced and the phylogenetically analyzed. Results. From 80 tested animals, 6 cats and 3 dogs resulted positive for natural SARS-CoV-2 infection. These animals did not show any clinical signs; and their infected owners only reported mild signs of COVID-19, without clinical complications. Regarding analysis of one of the sequences, a single nucleotide polymorphism (SNP) was found, with a substitution in position 647, resulting in the change of the amino acid serine (S) for isoleucine (I). The cases occurred in the municipalities of Caldas, Medellín and Envigado. Conclusions. It is inferred that natural infection in cats and dogs is associated with direct contact with a positive COVID-19 patient.

Identification of human Norovirus (HNoV) in domestic pig stool samples / Identificación de Norovirus Humano (HNoV) en muestras de estiércol de cerdos domésticos / Identificação de Norovírus Humano (HNoV) em amostras de suínos domésticos

Identificación de Norovirus Humano (HNoV) en muestras de estiércol de cerdos domésticos. Objetivo: determinar la presencia de NoVs como posible agente zoonótico causal de diarrea aguda entre cerdos y humanos. Materiales y métodos: se recolectaron un total de 77 muestras diarreicas provenientes de niños menores de cinco años y de cerdos menores de dos meses de la población La Chamba en el Tolima, Colombia. Estas muestras fueron transportadas al Laboratorio de Virología de la Pontificia Universidad Javeriana en Bogotá, donde inicialmente se les realizó extracción con Trizol-reagent, siguiendo las instrucciones del fabricante. Una vez obtenido el RNA, el siguiente paso fue hacer la RT-PCR para obtener el producto de amplificacion esperado para NoVs de 213 pb. Finalmente, las muestras positivas obtenidas en la RT-PCR fueron secuenciadas y analizadas mediante métodos bioinformáticos. Resultados: se obtuvieron seis muestras positivas de diarrea de niños y una muestra positiva de diarrea de cerdos, las cuales se evidenciaron en una banda de 231 pb. Cinco de las seis muestras positivas en niños y la muestra positiva en cerdos fueron secuenciadas y analizadas. Conclusiones: dada la estrecha relación genética que se evidencia entre las secuencias del cerdo y el humano, este podría ser un indicio de que exista la posibilidad de un animal en común como reservorio para cepas de humano u otras cepas de animales...

Objective. To determine the presence of NoVs as a possible causal zoonotic agent of acute diarrhea in pigs and humans. Materials and methods. We collected a total of 77 samples from diarrheal children under 5 years and pigs under 2 months from La Chamba town in Tolima, Colombia. These samples were transported to the Laboratory of Virology of the Pontificia Universidad Javeriana in Bogotá, and extraction with Trizol-reagent was done following the manufacturer’s instructions. After obtaining the RNA, the next step was to perform RT-PCR for obtaining the expected amplification product of 213- bp NoVs. Finally, the positive samples obtained in the RT-PCR were sequenced and analyzed by bioinformatics methods. Results. Six positive diarrheic samples from children and a positive diarrheic sample from pigs were detected by a band of 231 bp. Five of the six positive samples in children and the positive pig sample were sequenced and analyzed. Conclusion. Given the close genetic relationship between pig and human sequences, this could be an indication of the potential existence of a common animal acting as a reservoir for human or other animal strains...

Identificação de Norovírus Humano (HNoV) em amostras de suínos domésticos. Objetivo. Determinar a presença de NoVs como possível agente zoonótico causal de diarréia aguda entre porcos e seres humanos. Materiais e métodos. Foram coletadas um total de 77 amostras de crianças diarréicas menores de cinco anos e porcos com menos de dois meses da população “La Chamba” Tolima-Colômbia. Estas amostras foram transportadas ao laboratório de virologia da Pontifícia Universidade Javeriana - Bogotá, onde foram inicialmente submetidas à extração com Trizol reagment e seguindo as instruções do fabricante, após a obtenção do RNA o próximo passo foi realizar a RT-PCR para obter o produto de amplificação esperado para NoVs de 213 bp. Finalmente as amostras positivas obtidas no RT-PCR foram seqüenciadas e analisadas por métodos de bioinformática. Resultados. Foram obtidas seis amostras positivas de diarréia nas crianças e uma amostra positiva de diarréia em suínos, as que foram representadas em uma banda de 231 pb. Cinco das seis amostras positivas em crianças e a amostra positiva em suínos foram seqüenciadas e analisadas. Conclusões. Dada a estreita relação genética que se manifesta entre as seqüências de suínos e humanos, isso poderia ser uma indicação de que existe a possibilidade de um animal comum como reservatório para o humano ou outras cepas de animais...

Evidence of zoonotic Chlamydophila psittaci transmission in a population at risk in Zulia state, Venezuela / Evidencia de transmisión zoonótica de Chlamydophila psittacci en una población de riesgo del Estado Zulia, Venezuela

Objective This study was aimed at investigating the frequency of infection by Cp. psittaci and determining its genotype in individuals at potential risk of exposure to the bacteria. Methodology The study involved 170 individuals: a risk group (n= 96) and a low-risk control group (n=74). Cp. psittaci was detected and genotyped by single-tube nested PCR and ompA gene sequencing. Results Eight (8.3 %) positive cases were detected in the risk group and 1 (1.4 %) in the control group (p<0.04). Cp. psittaci was found in 16.7 % of pigeons' fecal samples. Cp. psittaci infection with was more frequent in symptomatic (17.7 %) than asymptomatic (6.3 %) individuals in the risk group. Analysing the genomes isolated from human and bird specimens revealed the presence of genotype B. Conclusion The presence of Cp. psittaci genotype B in the population being evaluated could have been attributed to zoonotic transmission from pigeons to humans, an underestimated potential public health problem in Venezuela requiring the health authorities' involvement.

Objetivo El objetivo de este estudio fue investigar la frecuencia de infecciones por Cp. psittaci y determinar su genotipo en individuos con potencial riesgo de exposición a la bacteria. Metodología Se incluyeron 170 individuos, un grupo de riesgo (n=96) y un grupo control (n=74). La detección y genotipificación de Cp. psittaci se llevó a cabo por PCR anidada y secuenciación del gen ompA. Resultados Se detectaron ocho (8,3 %) casos positivos en el grupo de riesgo y 1 (1,35 %) en el grupo control (p<0,04). Cp. psittaci fue detectada en 16,7 % muestras fecales de palomas. En el grupo de riesgo, la frecuencia de infección por Cp. psittaci fue 17,7 % en individuos sintomáticos y 6,3% en asintomáticos. El análisis de los genomas aislados de muestras humanas y aves, revelaron la presencia del genotipo B. Conclusión La presencia de Cp. psittaci genotipo B en la población evaluada podría ser atribuida a transmisión zoonótica de palomas a humanos, un potencial problema de salud pública en nuestra región que requiere la intervención de autoridades sanitarias.